Just-in-time (JIT) ražošanas stratēģijas priekšrocības ir labi dokumentētas, taču tai var būt arī daži nopietni trūkumi. Galvenā šī ražošanas procesa problēma ir parādīta tā nosaukumā. "Tieši laikā" nozīmē, ka šīs biznesa stratēģijas panākumi lielā mērā ir atkarīgi no precīzas koordinācijas starp uzņēmumiem un to piegādātājiem, lai nodrošinātu ātru piegādi. Tā kā nav krājuma bufera, bizness var ļoti ciest, ja tiek kavēts kāds ražošanas elements.
JIT ražošanas stratēģija nozīmē, ka uzņēmumi neražo preces pārdošanai, kamēr tās nav pasūtījuši klienti, kas nozīmē, ka krājumu ir maz vai to nav vispār. Kaut arī neliels krājums var būt izdevīgs uzņēmuma darbības virzienam vairākos veidos, biznesa vadīšana šādā veidā prasa lielu koordināciju. Sākot no ražošanai nepieciešamo izejvielu iegūšanas līdz savlaicīgai piegādes nodrošināšanai, visi JIT ražošanas aspekti ir jāsinhronizē. Tas bieži nozīmē, ka uzņēmumiem ir jāiegulda informācijas tehnoloģiju ieviešanā, lai nodrošinātu automātisku paziņošanu piegādātājiem, kad tiek saņemti pasūtījumi.
Saskaņā ar standarta krājumiem balstītiem ražošanas modeļiem uzņēmumi veic lielus materiālu pasūtījumus no vairumtirgotājiem, un daudzas preces var izgatavot no viena sūtījuma. Tā kā ražošana noārda pirmo izejvielu sūtījumu, tiek nosūtīts vēl viens pasūtījums, izveidojot ērtu laika buferi. Ražošana pēc pieprasījuma nozīmē, ka uzņēmumiem ir jāatrod piegādātāji, kuri ir gatavi izpildīt nelielus, biežus pasūtījumus ļoti īsā laikā, kas bieži nozīmē vietējo piegādātāju izmantošanu, lai samazinātu nosūtīšanas laiku un izmaksas. Ja nav krājumu vai materiālu krājumu, jebkurš piegādes ķēdes jautājums var izraisīt piegādes kavēšanos un dusmīgus klientus. Pēkšņs neapstrādātu preču cenu pieaugums, kas saistīts ar izejvielu ieguvi, iztrūkumu, dabas katastrofu vai politisku satricinājumu (sauktu par piegādes šoku), var arī nopietni apdraudēt uzņēmuma spēju efektīvi apkalpot klientus.
Tā kā JIT ražošana pilnībā balstās uz esošajiem pasūtījumiem, tā nav visefektīvākā sistēma negaidītu situāciju novēršanai. Uzņēmums, kas izmanto šo stratēģiju, var būt slikti aprīkots, lai rīkotos ar pēkšņu produkta pieprasījuma pieaugumu. Rezerves krājumu trūkums nozīmē, ka klientiem ir jāgaida, kad uzņēmums saņems piegādes un izgatavos produktu. Tas var nozīmēt ilgstošu kavēšanos, neapmierinātus klientus un iespējamu visa pasūtījuma zaudēšanu, ja rodas piegādes ķēdes problēmas.
Nespēja savlaicīgi izpildīt lielus pasūtījumus var maksāt biznesa naudu, taču JIT stratēģijai ir arī citi slēpti izdevumi, kas ir tikpat svarīgi, kaut arī mazāk dramatiski. Preču ražošana mazākiem apjomiem nozīmē mazāk tērēt vienam izejvielu sūtījumam, bet tas faktiski var novest pie tā, ka uzņēmumam izmaksā vairāk. Uzņēmumi, kuriem ir augsts ražošanas līmenis, gūst labumu no apjomradītiem ietaupījumiem: pieaugot ražošanai, faktiski samazinās katra priekšmeta vidējās izmaksas. Daļēji tas notiek tāpēc, ka lielos vairumtirdzniecības pirkumos bieži tiek veiktas dāsnas atlaides, pamatojoties uz daudzumu. Uzņēmumi, kas izmanto JIT ražošanas stratēģiju, var maksāt vairāk par vienību, jo viņiem ir jāveic mazāki, biežāki pasūtījumi, kas neatbilst šāda veida cenu pārtraukumiem. Papildu nosūtīšanas un piegādes maksām, kas tiek pievienotas biežākiem pasūtījumiem, var būt arī būtiska ietekme uz rezultātu, kā arī uz vidi.
