Kad S korporācijas direktors iemaksā naudu uzņēmējdarbībā, pastāv ļoti atšķirīgas nodokļu sekas atkarībā no tā, vai maksājums tiek uzskatīts par aizdevumu vai klasificēts kā apmaksāta kapitāla papildu ieguldījums. S korporācijas aizdevuma atmaksa pamatsummai parasti netiek uzskatīta par ienākumu no pamatsummas. Tomēr, ja sākotnējais maksājums tika uzskatīts par papildu iemaksātu kapitālu, turpmākos maksājumus pamatsummai var uzskatīt par dividenžu sadali vai algām, kuras pēc tam tiek apliktas ar pamatsummu un var ietvert pat pašnodarbinātības nodokļus.
Lai pamatsummas maksājums S korporācijai tiktu pienācīgi uzskatīts par aizdevumu, Iekšējo ieņēmumu dienestam jeb IRS ir nepieciešams, lai starp S korporāciju un pamatsummu būtu noslēgts patiesa parāda līgums. Ja šāda līguma nav, IRS aizdevumu var uzskatīt par papildu apmaksātu kapitālu. Bona fide parāda līguma elementi ietver šādus elementus:
1) Rakstisks līgums vai parādzīme starp S korporāciju un pilnvarotāju
2) saprātīga procentu likme par aizdevumu
3) Daži aizdevuma nodrošinājuma veidi
4) aizdevuma atmaksas grafiks
Galvenā tēma šajā noteikšanā ir īsts aizdevuma līgums, kas jāīsteno un kurā aizdevējam, kurš šajā gadījumā ir arī pilnvarnieks, ir visas parastās ārējā aizdevēja aizsardzības. Ja šādas aizsardzības nepastāv, līdzekļus var uzskatīt par "apdraudētiem". Tas ir tāpat kā ar jebkuru citu ieguldījumu vai ieguldījumu biznesa uzņēmumā. No S korporācijas viedokļa pamatsummas saņemšana būtu jāklasificē kā parāds tikai tad, ja ir noslēgts patiess parāda līgums. Ja nē, saņemtie līdzekļi pēc noklusējuma jāreģistrē kā papildu iemaksāts kapitāls.
Tā kā S korporācijas ir caurplūstošas vienības, uzņēmējdarbības tīro ienākumu vai zaudējumu nodokļu ietekmi uz nodokļiem atzīst pamatdirektoru individuālajās nodokļu deklarācijās. Direktori ir atbildīgi par personīgo krājumu un parāda bāzes izsekošanu uzņēmējdarbībā. S korporācijas caurlaides zaudējumus var atskaitīt tikai līdz pamatsummai, kas pieder katram pamatsummai. Un otrādi, S korporācijas ienākumi, kas pārsniedz bāzi, tiek uzskatīti par ar nodokli apliekamiem ienākumiem. Lai arī pati S korporācija nav atbildīga par tās īpašnieku krājumu bāzes un parāda bāzes izsekošanu, tai tomēr būtu skaidri jādefinē aizdevumu kapitāla iemaksas, lai gada beigu finanšu pārskati būtu pareizi. Jebkuras kļūdas S korporācijas finanšu pārskatos var izraisīt K-1, kas izdoti akciju īpašniekiem, kļūdainību. Ļoti svarīgi ir arī tas, ka pastāv skaidra saziņa starp S korporācijas vadību un galveno naudu, kas iemaksā vai aizdod naudu korporācijai.
